Czternastoletni Niko jest zwyczajnym nastolatkiem, na pozór niewyróżniającym się niczym na tle swoich rówieśników. Jest klasowym wyrzutkiem, gdyż jest obiektem kpin ze strony silniejszych kolegów. Jednak przede wszystkim jest strasznie ciekawski i zadaje dużo zbędnych pytań. Odkrywa stary, opuszczony dom, którego nigdy wcześniej tam nie widział. Pchany przez ciekawość, wchodzi do środka przez tytułowe drzwi o trzech zamkach i trafia do świata kwantowego. W świecie tym dzieją się zadziwiające rzeczy. Nico, który przez przypadek zagłębia się w tę przygodę, ma za zadanie przywrócić równowagę pomiędzy swoim światem a światem kwantowym, który właśnie odkrył.