Zapiski ks. Jerzego po raz pierwszy wydane były w Paryżu w 1985 roku, kilka miesięcy po Jego śmierci.

Gdyby nie Papież Jan Paweł II i determinacja Wydawcy, być może zapiski nie ukazałyby się w ogóle. Tak pisze o tym Piotr Jegliński we wstępie do obecnego wydania:

W parę tygodni po otrzymaniu Zapisków docierały do mnie różnymi drogami rady, płynące głównie z kręgów bliskich kurii warszawskiej, abym może zastanowił się nad wydawaniem tej książki; wskazywano na fragment, w którym ksiądz Jerzy bardzo gorzko wypowiada się o spotkaniu z księdzem Prymasem Józefem Glempem (…) Postanowiłem pojechać do Rzymu (…) po wyjściu pielgrzymów zostałem przez chwilę z Janem Pawłem II, któremu ofiarowałem tytuły Editions Spotkania. Wtedy też powiedziałem, że mam maszynopis Zapisków ks. Jerzego i wspomniałem o sugestiach dokonania skrótów, a nawet wstrzymania wydania książki (…) Papież mnie wysłuchał i pobłogosławił. Następnego dnia do klasztoru, w którym się zatrzymałem, przekazano mi następujące słowa: Proszę wydawać jak najszybciej i bez skrótów.

Zapiski księdza Jerzego Popiełuszki obejmują lata 1980-1984, a więc najważniejszy okres jego działalności duszpasterskiej i patriotycznej. Pochodzą z trzech różnych zeszytów:
z kieszonkowego notesu w kratkę, formatu A6 zawierającego zapiski z podróży do Ameryki w czerwcu i lipcu 1980;
z niebieskiego zeszytu szkolnego - okres od listopada 1982 do maja 1983;
ze szkolnego brulionu w czarnej okładce – okres od grudnia 1983 do czerwca 1984.