Akcja Czerwonego kapitana dzieje się w 1992 r., tuż po transformacji ustrojowej. Komisarz Krauz („bardzo młody, bezczelny, szybki i niedoświadczony, ale perspektywiczny”) prowadzi śledztwo w sprawie morderstwa popełnionego kilka lat wcześniej przez służby bezpieczeństwa. Trop prowadzi przez służby kościelne i tajne organizacje StB i sięga… głębokiego średniowiecza. Komisarzowi Krauzowi przyda się znajomość łaciny, nie tylko tej ulicznej…